Echt interessante Frage, die Du da aufgeworfen hast. Daran hatte ich noch gar nicht gedacht. Blöde Situation mal wieder...
Erstmal würde ich natürlich annehmen, dass der "höherwertige" Star seine Stammstimme bekommt (also Depp) und der andere dann eben einen neuen Sprecher.
Aber da Johnny Depp schon in Fluch der Karibik eine andere Stimme bekam (die angeblich einfach besser zu Jack Sparrow paßte), hat er ja sozusagen zwei deutsche Sprecher. Könnte also auch sein, dass Bale weiterhin Nathan bekommt und Depp seine FdK-Stimme.
Nachtrag: Mir ist natürlich klar, dass man sich nach The Dark Knight über den Status als "höherwertig" bei den beiden streiten kann.