Also spielerisch lohnt es sich, besonders wenn Du Human Revolution mochtest.
Storytechnisch ist eine schwierige Sache. Letztendlich hatte es das Potential sehr gut zu werden, aber das Problem ist das man merkt das es eher ein Auftakt ist bzw. eine Einleitung ist.
Irgendwann fühlt es sich an als ob es künstlich in die Länge gezogen wurde und man verliert das Interesse an der Geschichte. So war es bei mir zumindest.
Das man dann noch zu 95% in Prag ist, macht es das nicht gerade leichter.
Ein eigenständiger Teil für einen Auftakt ist ja auch nichts schlimmes - man sollte es nur wenigstens gut verpacken.
Um speziell Deine Frage zu beantworten:
Die Story in MD ist sozusagen abgeschlossen, aber das ist in gewisser Hinsicht auch das Problem. Lediglich das Ende bringt die Story von Deus Ex wirklich voran, alles andere ist leicht zu vergessen und ich wette bei einem potentiellen dritten (bzw. fünften) Teil wird man auch nicht mehr allzu viel über die Geschehnisse von MD lesen.
Edit: Sehe gerade das ich mich hier eigentlich nur wiederholt habe.