Eigentlich sollte es egal sein, wo du die Programme installierst. Die Unterscheidung zwischen Program Files (64Bit) und den normalen Program Files hat glaube ich nichts mit der Funktionalität zu tun, sondern sollte nur ermöglichen, dass man zwei Versionen eines Programms nebeneinander nutzen kann, falls die 64Bit-Variante nicht alle Features haben sollte.